Dr. Çağatay 1993 yılında Hacettepe Üniversitesi İktisat Bölümü'nde araştırma görevlisi olarak çalışmaya başlamıştır. Temel ilgi alanı kısmi ve genel denge çerçevesinde politika modellemesi ve analizidir. Çalışmaları tarım politikaları, tarım-makro ekonomi etkileşimi, kırsal yoksulluk, çevre-tarım-dış ticaret-doğrudan yabancı yatırımlar etkileşimi ve sürdürülebilir kalkınma üzerine odaklanmaktadır. Çalışma alanlarında uluslararası dergilerde basılmış makaleleri bulunmaktadır. Lisans ve lisansüstü düzeyde mikro ekonomi, doğal kaynaklar ve çevre ekonomisi, hesaplanabilir genel denge modelleri ve tarım ekonomisi dersleri vermektedir. Ayrıca ilgi alanlarında ulusal/uluslararası projelerde danışmanlık yapmaktadır. Halen Akdeniz Üniversitesi İktisat Bölümünde çalışmaktadır.